چنانكه اشاره شد امام صادق ع در علوم طبيعى بحثهايى نمود و رازهاى نهفته‏اى را باز كرد كه براى دانشمندان امروز نيز مايه اعجاب است.گواه روشن اين امر (گذشته از آموزش جابر) توحيد مفضل است كه امام آن را ظرف چهار روز املا كرد و «مفضل بن عمر كوفى» نوشت و بنام كتاب «توحيد مفضل» شهرت يافت.

مفضل خود در مقدمه رساله مى‏گويد: روزى هنگام غروب در مسجد پيامبر نشسته بودم و در عظمت پيامبر و آن‏چه خداوند از شرف و فضيلت و $ به آن حضرت عطا كرده مى‏انديشيدم. در اين فكر بودم كه ناگاه «ابن ابى العوجأ»، كه يكى از زندايقان آن زمان بود، وارد شد و در جايى كه من سخن او را مى‏شنيدم نشست. پس از آن يكى از دوستانش نيز رسيد و نزديك او نشست. اين دو، مطالبى درباره پيامبر اسلام بيان داشتند… آنگاه ابن ابى العوجأ گفت: نام محمد را، كه عقل من در آن حيران است و فكر من در كار او درمانده است، واگذار و در اصلى كه محمد آورده است سخن بگو. در اين هنگام سخن از آفريدگار جهان به ميان آوردند و حرف را به جايى رساندند كه جهان را خالق و مدبرى نيست، بلكه همه چيز خود بخود از طبيعت پديد آمده است و پيوسته چنين بوده و چنين خواهد بود/

مفضل مى‏گويد: چون اين سخنان واهى را از آن دور مانده از رحمت خدا شنيدم، از شدت خشم نتوانستم خوددارى كنم و گفتم: اى دشمن خدا، ملحد شدى و پروردگار را كه تو را به نيكوترين تركيب آفريده، و از حالات گوناگون گذارنده و به اين حد رسانده است، انكار كردى! اگر در خود انديشه كنى و به درك خود رجوع نمايى، دلائل پروردگار را در وجود خود خواهى يافت و خواهى ديد كه شواهد وجود خدا و قدرت او، نشان علم و حكمتش در تو آشكار و روشن است.

ابن ابى العوجأ گفت: «اى مرد، اگر تو از متكلمانى (= كسانى كه از مباحث اعتقادى آگاهى داشتند و در بحث و جدل ورزيده بودند) با تو، به روش آنان سخن بگويم، اگر ما را محكوم ساختى ما از تو پيروى مى‏كنيم ؛ و اگر از آنان نيستى سخن گفتن با تو سودى ندارد؛ و اگر از ياران جعفر بن محمد صادق هستى، او خود با ما چنين سخن نمى‏گويد و اين گونه با ما مناظره نمى‏كند. او از سخنان ما بيش از آنچه تو شنيدى بارها شنيده ولى دشنام نداده است و در بحث بين ما و او از حد و ادب بيرون نرفته است، او آرام و بردبار و متين و خردمند است و هرگز خشم و سفاهت بر او چيره نمى‏شود، سخنان و دلائل ما را مى‏شنود تا آنكه هر چه در دل داريم بر زبان مى‏آوريم، گمان مى‏كنيم بر او پيروز شده‏ايم، آنگاه با كمترين سخن دلائل ما را باطل مى‏سازد و با كوتاهترين كلام،حجت را بر ما تمام مى‏كند چنانكه نمى‏توانيم پاسخ دهيم، اينك اگر تو از پيروان او هستى، چنانكه شايسته اوست، با ما سخن بگو»/

من اندوهناك از مسجد بيرون آمدم و در حالى كه در باب ابتلاى اسلام و مسلمانان به كفر اين ملحدان و شبهات آنان در انكار آفريدگار فكر مى‏كردم، به حضور سرورم امام صادق (ع) رسيدم. امام چون مرا افسرده و اندوهيگين يافت، پرسيد: تو را چه شده است؟

من سخنان آن دهريان را به عرض امام رساندم، امام فرمود: «براى تو از حكمت آفريدگار در آفرينش جهان و حيوانات و درندگان و حشرات و مرغان و هر جاندارى از انسان و چهار پايان و گياهان و درختان ميوه دار و بى ميوه و گياهان خوردنى و غير خوردنى بيان خواهم كرد، چنانكه عبرت گيرندگان از آن عبرت گيرند و بر معرفت مومنان افزوده شود و ملحدان و كافران در ان حيرآن بمانند. بامداد فردا نزد ما بيا…».

به دنبال اين بيان امام، مفضل چهار روز پياپى به محضر امام رسيد. امام بياناتى پيرامون آفرينش انسان از آغاز خلقت و نيروهاى ظاهرى و باطنى و صفات فطرى وى و در خلقت اعضا و جوارح انسان، و آفرينش انواع حيوانات و نيز آفرينش آسمان و زمين و… و فلسفه آفات و مباحث ديگر ايراد فرمود و مفضل نوشت. (17)

رساله توحيد مفضل بارها به صورت مستقل چاپ و توسط مرحوم علامه مجلسى و برخى ديگر از دانشمندان معاصر به فارسى ترجمه شده است/